मत्स्य अनुसन्धान केन्द्र, पोखराको स्थापना वि.सं. २०१८ सालमा “ताल विकास केन्द्र” को नाममा भएको थियो । केन्द्रको स्थापना पछि तालहरूमा मत्स्य विकास गर्ने र माछामा आश्रित समुदायको जनजीविकामा सुधार ल्याउने उद्देश्य अनुरुप फेवाताल, वेगनासताल र रुपातालको पर्यावरण तथा जैविक विविधता संरक्षण एवं उपयोगको नीतिको आधारमा कार्यक्रमहरू संचालन भएका थिए । प्रारम्भिक चरणमा यस केन्द्रको कार्यक्रम पोखरा उपत्यकाका ताल तथा नदीमा तियारी जाल राखी संकलित माछा आलो नै तथा सुकुटी बनाई सर्बसाधारणलाई सुपथ मूल्यमा आपूर्ति गर्ने र ताल वरिपरि बस्ने निम्नआयस्तर भएका तथा फिरन्ते जीवन विताउने जलारी (पोडे समुदायलाई तियारी जाल थाप्ने र माछा समात्ने प्रविधि सिकाई कृषकहरूको जीवनस्तरमा सुधार ल्याउने कार्यक्रम संचालन गरिएको थियो । यस प्रविधिको थालनी भएको २–३ बर्षसम्म पोखरा उपत्यकाका तालहरूमा समातिने माछाको उत्पादनमा बृद्धि पनि भयो । सो अवधिमा तालहरुमा अति दोहनका कारण समातिने माछाको उत्पादनमा ह्रास हुदै गएको हुँदा स्थानीय बजारमा बढदो माछाको माग आपुर्ति गर्न समस्या देखियो ।
तत्पश्चात नयाँ चुनौतीका लागि तालहरूमा उत्पादित प्राकृतिक आहाराको सदुपयोग गरी माछा उत्पादन बृद्धि गर्न नेपाल सरकार (तत्कालीन श्री ५ को सरकार) तथा विश्व खाद्य तथा कृषि संगठन (FAO) र संयुक्त राष्ट्र संघीय विकास कार्यक्रमको (UNDP) को संयुक्त सहयोग एवम् प्रयासमा २०३२ देखि २०३६ साल सम्म यस केन्द्रमा एकीकृत मत्स्य विकास आयोजना लागु भएको थियो । माछा पालन प्रति कृषकहरूको बढ्दो अभिरुचिलाई दृष्टिगत गर्दै यस आयोजनाको अवधिमा फेवा, वेगनास र रुपातालको अध्ययन गरी उत्पादकत्वको आधारमा कृषकहरूलाई वैकल्पिक आयस्रोतको रुपमा पिंजडा तथा ईन्क्लोजरमा माछा पालन कार्यको शुरुवात गरियो । यसै अवधिमा पेकिङ र एन.जी.चाउ जातका हाँस ल्याई हाँसपालन कार्यक्रम तथा विकसित डुङ्गा बनाउने प्रविधिको विकास गरी निजीक्षेत्रमा प्रविधिको हस्तान्तरण गरिएको थियो । कार्यक्रम अनुसार सरकारी तथा निजीस्तरमा विभिन्न किसिमको पिंजडाहरू तालमा राखी आर्थिक दृष्टिकोणले रोचक एवं प्रभावकारी पेशाको रुपमा माछापालन कार्यलाई अगाडि बढाइयो । फलस्वरुप पिंजडामा माछापालन प्रविधि लोकप्रिय हुन गएको छ । विकसित प्रविधिको अनुसरण तथा विस्तारण भए अनुरुप हाल अन्य सम्भावित कतिपय जलाशयहरूमा पनि पिंजडामा माछापालन व्यवसाय विस्तार भैरहेको छ । यस अतिरिक्त केन्द्रले स्थानीय जातका आर्थिक दृष्टिकोणले महत्वपूर्ण मानिएका माछाहरू मध्ये सहर तथा गर्दीको प्रजननमा सफलता प्राप्तगरी व्यावसायिक रुपमा पालन गर्न प्रविधि विकासको लागि अध्ययन अनुसन्धान गरिरहेको छ । आ.व. २०४८/४९ मा नेपालमा कृषि तथा पशु विज्ञानका क्षेत्रमा प्रभावकारी अध्ययन अनुसन्धान संचालन गरी उन्नत प्रविधिको विकास गर्न नेपाल कृषि अनुसन्धान परिषद्को स्थापना भएपछि यो केन्द्र सो परिषद् अन्र्तगत संचालन हुदै आईरहेको छ । यस केन्द्रले मत्स्य एवम् जलचर उत्पादन मुलक अध्ययन अनुसन्धान खास गरी मध्यपहाडी भेगको प्राकृतिक जलाशयहरूमा मत्स्य पालन कार्य बढी प्रभावकारी बनाउन अध्ययन अनुसन्धान संचालनका साथै नदीनाला, तालतलैया, पोखरी तथा धानखेतमा माछापालन एवं जैविक विविधताको प्रवद्र्धन समेतका कार्यहरूमा आबश्यक प्राविधिक ज्ञान, सिप एवं सेवा उपलब्ध गराउन श्रोत केन्द्रका रुपमा समेत कार्य गर्दै आइरहेको छ । आ.व. २०४८/४९ देखि ६ बर्षसम्म ताल, तलैया, रिर्जभ्वायर तथा नदीनालामा मत्स्य उत्पादन गर्ने उद्देश्यले नेपाल सरकार र जापान सरकारको (JICA)अनुदान सहित संयुक्त सहयोगमा प्राकृतिक जलाशय मत्स्य विकास आयोजना (NWFDP) संचालन भएको थियो ।
यस आयोजना अन्र्तगत माउ माछा व्यवस्थापन तथा भुरा हुर्काउने पोखरीहरू, मत्स्य ह्याचरी, दाना घर, तालिम भवन, प्रयोगशाला, कार्यालय भवन, आदि भौतिक सुविधाहरूको विकास गरिएको थियो भने मत्स्य ब्यवसायीलाई समेत प्राविधिक सीप ज्ञान र सामग्रीमा सहयोग प्रदान गरिएको थियो । आयोजनाबाट प्राप्त र विकसित प्रविधि एवं साधन स्रोतहरूको सदुपयोग गरी हाल यस केन्द्रले विभिन्न जातका स्वदेशी तथा विदेशी माछाहरूमा अध्ययन अनुसन्धान, उत्पादन कार्यक्रम तथा सेवामुलक कार्यक्रम गरी सेवाग्राहीलाई सेवाटेवा दिँदै आईरहेको छ । नेपालमा कृषक/उद्यमीको बढ्दो अभिरुची भएको र भौगोलिक रुपमा पनि प्रशस्त सम्भावना रहेको चिसो पानीमा ट्राउट माछा पालन प्रविधि विकास कार्य यस केन्द्रको प्रभाव क्षेत्रका कास्की, मनाङ्ग, मुस्ताङ्ग, म्याग्दी, पर्वत, वागलुङ्ग आदि जिल्लाहरुमा माछा पालन कार्य संचालन भैरहेका छन ।